ประวัติการสร้างวัดพระศรีรัตนมหาธาตุ สุพรรณบุรี ปรากฎในจารึกบนแผ่นลานทองที่พบจากกรุพระปรางค์ และยอดนภศูล เมื่อพุทธศักราช 2456 ข้อความในจารึกระบุถึงการสร้างพระสถูป (องค์พระปรางค์) ของพระมหากษัตริย์ และการปฎิสังขรณ์ โดยพระราชโอรสในสมัยต่อมา ซึ่งนักวิชาการมีความเห็นว่า พระมหากษัตริย์ผู้ทรงสร้าง อาจหมายถึงสมเด็จพระนครินทราธิราช หรืออาจหมายถึงสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่2 (เจ้าสามพระยา) จึงนำไปสู่ข้อสันนิษฐานว่า วัดพระศรีรัตนมหาธาตุ สุพรรณบุรี สถาปนาขึ้นช่วงต้นกรุงศรีอยุธยา (พุทธศตวรรษที่ 20) ระหว่างรัชกาลใดรัชกาลหนึ่ง
แผนผังสถาปัตยกรรม ประกอบไปด้วย เจดีย์ทรงปรางค์เป็นประธานของวัด ด้านข้างมีปีกปรางค์หรือปรางค์ขนาดเล็กขนาบปรางค์ประธานทั้งสองข้าง ทำระเบียงคตล้อมอยู่โดยรอบ ด้านนอกระเบียงคตมีวิหารหลวงอยู่ด้านหน้าทางทิศตะวันออก และอุโบสถอยู่ด้านหลังทางทิศตะวันตก โดยสร้างอยู่แนวเดียวกับปรางค์ประธาน ตามความนิยมในสมัยกรุงศรีอยธยาตอนต้น นอกระเบียงคตยังมีวิหารราย และเจดีย์รายอีกหลายองค์รายล้อมอยู่โดยรอบ
กรมศิลปากร ประกาศขึ้นทะเบียนวัดพระศรีรัตนมหาธาตุ สุพรรณบุรี เป็นโบราณสถานสำคัญสำหรับชาติ ในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 52 หน้า 3710 วันที่ 8 มีนาคม 2478 หลังจากนั้นได้มีการดำเนินงานขุดศึกษาโบราณคดี และบูรณะโบราณสถานบางส่วนเป็นระยะ และปรับปรุงสภาพภูมิทัศน์จนแล้วเสร็จ เมื่อพุทธศักราช 2562
ที่มาข้อมูล: สำนักศิลปากรที่ 2 สุพรรณบุรี
